Modelado comparativo de proteínas Curso de 4 horas versión 1.0 ©Bruno Contreras-Moreira

Modelado comparativo de proteínas 
Curso de 4 horas

versión 1.0 
©Bruno Contreras-Moreira

• Presentación
• ste curso es una introducción al modelado comparativo de proteínas, un conjunto de recetas y técnicas computacionales que se vienen usando en biología molecular desde los años 80. El curso consta de 4 módulos de 50 minutos y proporciona una base teórica y práctica suficiente para el mejor aprovechamiento de esta herramienta. 
  El curso está escrito en español, aunque algunas figuras estén en inglés, y está abierto a vuestros comentarios o sugerencias através de la dirección de correo contrera_at_cifn.unam.mx . 
  El curso comprende los siguientes capítulos:
• Fundamentos del modelado comparativo de proteínas (capítulo 1).
• Definición de dominios y búsqueda de estructuras de referencia (capítulo 2).
• Construcción de modelos de proteínas (capítulo 3).
• Evaluación crítica de modelos de proteínas (capítulo 4).
• Fundamentos del modelado comparativo de proteínas
  • Qué es el modelado comparativo de proteínas
  • Aplicaciones del MCP
  • Fundamentos teóricos y empíricos del MCP
    • Plegamiento de proteínas
    • Estructura tridimensional de proteínas
      • Estructura primaria
      • Estructura secundaria
      • Estructura terciaria y cuaternaria
    • Obtención experimental de estructura de proteínas
    • Visualización y manipulación de estructuras de proteínas
    • Bases de datos de estructuras de proteínas
    • Comparación de proteínas por medio de alineamientos
    • Límites empíricos del MCP, Chothia y Lesk
  • Protocolo genérico de MCP
• Definición de dominios y búsqueda de estructuras de referencia
  • Propiedades que pueden estimarse a partir de la secuencia (1D)
    • Ejercicio 1 (30 minutos)
    • Soluciones del ejercicio 1
  • Demarcación de dominios en proteínas y búsqueda de moldes de modelado
    • Ejercicio 2 (20 minutos)
    • Soluciones del ejercicio 2
• Construcción de modelos comparativos de proteínas
  • Ejercicio 3 (50 minutos)
  • Soluciones del ejercicio 3
• Evaluación crítica de modelos comparativos de proteínas
  • Ejercicio 4 (50 minutos)
  • Soluciones del ejercicio 4
  • Finalmente...
• Tabla de servidores y programas libres de modelado comparativo de proteínas
• http://www.ccg.unam.mx/~contrera/modelado_comparativo/node31.html
• Bibliografía 
• Anfinsen, C.B., Haber, E., Sela, M. & White Jr, F. ( 1961 ).
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  Bates, P.A., Kelley, L.A., MacCallum, R. M. y Sternberg, M.J. ( 2001 ).
  Mejora del modelado de proteínas por intervención humana en la aplicación de los programas automáticos 3D-JIGSAW y 3D-PSSM. 
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  Berman, H.M., Westbrook, J., Feng, Z., Gilliland, G., Bhat, T.N., Weissig, H., Shindyalov, I.N. & Bourne, P. E. ( 2000 ).
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  Los fundamentos del plegamiento de proteínas: reunir la teoría y el experimento. 
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  VERIFY3D: evaluación de modelos de proteínas con perfiles tridimensionales ,. 
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  Eyrich, V.A., Marti-Renom, M.A., Przybylski, D., Madhusudhan, M.S., Fiser, A., Pazos, F., Valencia, A., Sali, A. & Rost, B. ( 2001 ).
  EVA: evaluación automática continua de servidores de predicción de estructuras de proteínas. 
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  Fiser, A., Do, R. K. y Sali, A. ( 2000 ).
  Modelado de bucles en estructuras de proteínas. 
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  Ginalski, K., Elofsson, A., Fischer, D. y Rychlewski, L. ( 2003 ).
  3D-Jury: un enfoque sencillo para mejorar las predicciones de la estructura de proteínas. 
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• Sobre este documento...
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  Copyright © 1993, 1994, 1995, 1996, Nikos Drakos, Computer Based Learning Unit, University of Leeds. 
  Copyright © 1997, 1998, 1999, Ross Moore, Mathematics Department, Macquarie University, Sydney.
  The command line arguments were: 
  latex2html modelado_comparativo
  The translation was initiated by Bruno Contreras Moreira on 2006-03-08